Son Adanın Çocukları, huzur ve mutlulukla bir araya gelmiş insanların yaşadığı, cennet gibi bir adada geçer. Adada toplam kırk aile yaşar ve her bir aileyi oturduğu evin numarası temsil eder. Mütevazı bir yaşam anlayışının hüküm sürdüğü, paraya bile çok az ihtiyaç duyulan, şiddet ve gücün kullanılmadığı ada, diktatör bir başkanın emeklilik yıllarını geçirmek üzere adaya gelmesiyle sarsılır.
Böylelikle martıların el koyduğu adanın en güzel koylarına beş yıldızlı oteller yaptırılabilecektir. Bu duruma itiraz edenler olsa da başkanın gücü karşısında etkisiz kalırlar. Martıların katliamıyla artık adada hiçbir şey eskisi gibi olmayacaktır. Martıları yok etmesi için adaya tilkiler getirilmiştir. Bu yöntemle martılar azalır fakat bozulan doğa dengesi yılanların çoğalmasına neden olur. Yılanlar ada halkına zarar verince bir uzmana danışılır.
Başkanın iki torununun dışında adada yaşayan iki çocuk vardır. Bunlardan biri romanın anlatıcısı diğeri ise bakkalın dilsiz oğludur. Anlatıcının ve ailesinin mücadelesi, bakkalın oğlunun martıları yaşatma savaşı; tüm adayı yaktıktan sonra gerçeği gören ada halkının hüzünlü hikâyesi, başkanın adadan gitmesi ve geri kalanların bir fidan dikerek yitirdikleri adayı tekrardan bulmalarıyla son bulur.